台南空港は軍民共用型の空港である。政府の本拠が台湾に移転前に、中央空港会社の汕头－台南－アモイ及び中国空港会社のアモイ－台南の便があった。移転後の民国40年に、台南空港が松山国際空港のエアサポート支援空港と指定された際に、民航空輸隊の台北－台南の旅客輸送用航路が開通、さらに、民国46年に遠東空港会社より台北－台南の貨物輸送用航路（新聞紙輸送専用）も開通された。 民国54年7月1日に、高雄空港の成立により、台南空港のエアサポート業務が取り消されたが、国内便の運行が続いてきた。

台南空港の民用航空港の経営権が空港会社に属したのは民国64年8月1日に民用航空局の「台南民航エア・ターミナル」が成立するまでだった。それから「台南支援空港」が成立する民国82年1月までの間には、民用航空港への管理及び監督の業務は高雄国際空港より派遣された専任責任者が担当した。 民国83年1月に、業務上では独立運営権を持ち、それに、民用航空局の直接管理及び監督を受ける丙級空港が成立し、民国86年9月1日に、同空港が更に乙級空港に昇格して、その際より、民用航空港への経営管理も本当の分割するようなシステムに形成された。

行政院は100年6月30日に台南空港を入出国空港と認定し、その前に、民用航空局も100年6月21日に大陸と両岸の空輸事業に関する協議書を交換し、台南空港を直行空港の列に追加した。100年7月1日より、台南空港も局部地域の国際チャーター便サービス（両岸間の直行便を含む）を提供できるような空港となった。