臺南機場屬於軍民合用機場，政府遷臺以前有中央航空及中國航空公司分別飛航汕頭－臺南－廈門、廈門－臺南航線。政府遷臺後，民國40年指定臺南機場為松山國際機場之輔助機場，民航空運隊亦同時飛航臺北－臺南客運航線，遠東航空公司至民國46年始加入飛航臺北－臺南貨運（送報紙）航線。 至民國54年7月1日高雄航空站成立，始撤銷臺南站之輔助機場業務，但仍維持國內航線之飛航。

臺南機場民航場站之經營管理過去均由航空公司辦理， 迨至民國64年8月1日民航局始正式成立『臺南民航候機室』。民國82年1月奉准成立『臺南輔助站』，以上期間航站站務由高雄國際航空站派員管理與督導。民國83年1月正式成立丙種航空站，業務獨立運作，直接受民航局督管。至民國86年9月1日升等為乙種航空站，開始以分組方式經管航站站務。

行政院於100年6月30日核定臺南機場為入出國機場，民航局亦於100年6月21日完成兩岸空運協議換文，增列臺南機場為直航機場。自100年7月1日起成為提供區域性國際包機（含兩岸直航）服務之機場。